ZUN的想法自是不得而知。
以我平素的腦補，大致有以下幾種：
1、境界說。
th05之後紫出場并以自己【萬能程度的能力】（←無誤！）將前五作神隱。
2、兩兩不同說。
th01靈夢、th02魔理沙、th04幽香、th05愛麗絲，每個世界送出了一個人進入了幻想鄉，而並非這五作發生在一個世界里。——然後，th03本來是送了岡崎夢美，但她轉移時空不知道哪裡去了。
3、同一世界說。
本來新舊作世界觀并沒有太大不同。魔炮連人類都放得出來何況大妖怪（幾乎所有終面boss都會激光：大衛之星亡我鄉天人系譜佛御缽之石最終審判魔神複誦十七條傳染病針妙丸四非）；靈夢學會了飛行就不再需要玄爺；魅魔實在太煩人了終於被靈夢所封印；等等。想解釋還是很好解釋。
不過都是腦補罷了。ZUN的態度是不提不表態，用捏他也不說明。就算引入了黑歷史，也得經過一番改造——畢竟黑歷史時期的人設實在不堪入目，不是指畫面的人設。
关于这个，我曾经设计了一个非常黑的剧情设定，就是小爱使用“正直者之死”仪式找灵梦报复，结果法术失控把黑历史的boss们当做祭品，死了很多……最后是魔理沙和紫来救场：侥幸没死幸存下来的boss们离开了这片伤心之地，爱丽丝忘记了很多事情，灵梦重伤被紫弄去转职成真正的博丽巫女，但是代价是记忆中的情感全部丢失，与紫形同陌路，也造就了她对妖怪一视同仁的态度。
旧作是旧作，新作是新作。
新作中提及的旧作场景，或是可能和旧作里比较相应的，就当是ZUN对自己大学时代的怀旧罢了。
谁没有那段思维略微量子化的中二时代呢？稍稍回忆一下，安排一个梗，也没有什么不好的啦。
但我还是坚持我的看法：新作的设定是新作设定，旧作是旧作设定，两者没有什么必然联系。
不矛盾，或者可以說是樓主你想多了……
想要在PC新作與舊作之間尋找聯繫，除非是進行脫離原始設定的二設，不然根本無解，因為這兩個系列的作品原本就是沒有具體聯繫的，舊作就是神主早期的隨性創作，按照自己的興趣做自己喜歡的東西，等到了PC平臺，他想推翻原設定，規劃一個全新的世界觀，於是才有了全新形象的摸你傻與無節操，新作與舊作的區別就這麼出來了
千本喵景严 发表于 2013-12-13 00:24 static/image/common/back.gif
关于这个，我曾经设计了一个非常黑的剧情设定，就是小爱使用“正直者之死”仪式找灵梦报复，结果法术失控把 ...
阿空格斗作有激光。同样地格斗作的19、天子都有。御柱也可以算是变体么...不过唯独萃香死活没有激光。
基本以新作为主吧，也没有特别喜欢的旧作与旧作人物
觉得应该优先正作吧 适当的与黑历史联系联系什么的
之前坚持认为旧作的灵梦是节操紅白的前代，就是据说被芙兰真正的姐姐、强到不能再强的露米娅吞噬的那位
我关心的是灵梦的头发。是染黑了？还是原来染的色后来掉色了？
我因为很喜欢旧作就偏向理解为是同一世界论的“很久很久以前发生的故事”了
这样也比较好理解啊，只有妖怪活下来了但是因为一些原因而各自分道扬镳（包括修成魔法使的爱丽丝）。
旧作作为人类的两位主角已经逝去很久了，然后新作是转世？不过存活下来的妖怪们（没有太大交集的那种）已经把她们两个的事情忘得差不多了？只是听见名字感觉“啊，好像曾经有过和她很像的一个人”那样的感觉。
感觉比较惨淡悲哀的理解呢，细想真是……